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Los ecosistemas se clasifican de acuerdo al hábitat en el que se encuentran:
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Ecosistemas acuáticos
Son los más abundantes, casi el 75% de todos los ecosistemas conocidos se encuentran bajo el agua. Es decir: en mares, océanos, ríos, lagos y nichos submarinos profundos.
Los arrecifes de coral son conocidos como la selva marina la presencia de gran diversidad.
Ecosistemas terrestres
Están ubicados sobre la corteza terrestre y fuera del agua, en sus posibles variaciones de relieve: montañas, páramos, planicies, valles, desiertos, etc. Esto implica diferencias importantes de temperatura, concentración de oxígeno y clima, por lo que la diversidad de la vida en estos ecosistemas es enorme, mayoritariamente de insectos y de aves.
Ecosistemas mixtos
Son aquellos ecosistemas que se encuentran en medios acuáticos y terrestres. Esto debido a que las especies animales de estos ecosistemas se encuentran principalmente en uno de los dos, pero requieren del otro para reposar, alimentarse o procrear. Por ejemplo, los anfibios que en su etapa larvaria permanecen en el medio acuático, y en su etapa adulta salen a la superficie terrestre.
Ecosistemas microbianos
Es el ecosistema de los organismos microscópicos que habitan en el medio, tanto atmósfera, litosfera e hidrosfera, e incluso dentro de organismos superiores (ser humano), como es el caso de la flora microbiana intestinal.
Ecosistema artificial
Es el ecosistema creado por el ser humano. Espacios nunca antes imaginados, se destaca la presencia de edificios, rascacielos y grandes extensiones cubiertas por luces, cemento y pavimento. Algunas especies se han adaptado a este entorno, mientras otras no.
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